Уголовное дело против руководства банка, работавшего со структурами ОАО РЖД, было начато больше двух лет назад, в октябре 2016 года. За несколько месяцев до этого банк лишился лицензии за невыполнение федеральных законов и нормативных актов ЦБ. В пресс-релизе об отзыве лицензии у «Миллениума» ЦБ указывал на низкое качество активов, неадекватные кредитные риски и утрату капитала.
Примечательно, что Байдаков некоторое время исполнял обязанности советника президента РЖД Владимира Якунина. Также он успел побывать в руководстве банка «Фили», Рау-банка , а также банка «Индустриальный кредит». Бывший патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил Байдакова на должность казначея патриаршего Подворья — Храма Святителя Николая «близь деревни Афинеево».
Беглый банкир также являлся вице-президентом аффилированного с Якуниным фонда Андрея Первозванного.