На конец 2016 года, по данным Арбитражного суда, отрицательный капитал «Трансаэро» составил 104,8 млн руб. На 21 августа 2017 года стоимость доступных к реализации активов компании (без учета средств на счетах и наличных в кассе) составляла менее 1,6 млрд руб. Также в документе указано, что в 2013 году убытки «Трансаэро» составили 12,3 млн руб, в 2014 году — 293 тыс. руб., в 2015 году — 17,1 млн руб. и 3,3 млн руб. в 2016 году. В то же время кредиторы, а также работники компании, добиваются взыскания с «Трансаэро» свыше 229,5 млрд руб.
Как сообщал «Ъ», финансовые проблемы «Трансаэро» — некогда второй по величине авиакомпании — начались еще в 2012 году, когда ухудшилось ее финансовое состояние, была искажена бухгалтерская отчетность, переоценены активы. Представитель «Трансаэро» рассказал, что сейчас в компании числятся 730 работников, но большинство из них в долгосрочных отпусках. Фактически работают 65 человек в юридическом, кадровом, финансовом, экономическом и бухгалтерском отделах.