Соответствующее ходатайство в суд подал конкурсный управляющий компании Валерий Дюрягин.
В 2004 году компания СТР, связанная с Объединенной промышленной корпорацией Пугачева, заключила с ФК «Кремлевский» договор на реконструкцию Средних торговых рядов (комплекс зданий по соседству с ГУМом по адресу: Красная площадь, дом 5/2). До 2010 года соглашение исполнялось, но затем здания перешли в ведение ФСО и реализация проекта прекратилась.
СТР пыталась взыскать с Российской Федерации свои убытки — 39,5 миллиарда рублей недополученных доходов от реализации проекта и 1,5 миллиарда рублей процентов по кредитам, взятым для исполнения контракта. Однако арбитражные суды четырех инстанций, включая Высший арбитражный суд в июле 2014 года, отклонили претензии компании Пугачева.
Арбитражный суд Москвы в октябре 2013 года признал СТР банкротом. Тогда временный управляющий компании Алексей Дубинский сообщил, что реестр кредиторов требований сформирован в размере 8,2 миллиарда рублей. Активов у должника не было, дебиторская задолженность оценивалась как маловероятная ко взысканию. Основным кредитором СТР является Межпромбанк, также контролировавшийся Пугачевым.
В сентябре 2015 года Пугачев подал в международный трибунал иск против РФ на 12 миллиардов долларов. Истец сообщил, что обращение в суд связано с нарушениями обязательств России по двустороннему инвестдоговору с Францией. По мнению экс-сенатора, в период с 2009 года он лишился ряда своих активов, не получив за них компенсации. В частности, речь идет о девелоперском проекте на Красной площади («Средние торговые ряды») и Енисейской промышленной компании.
В то же время, уголовное дело по статье «неправомерные действия при банкротстве и преднамеренное банкротство», фигурантом которого стал Пугачев, было возбуждено после того, как Международный промышленный банк лишился лицензии и был признан банкротом в конце 2010 года. Государственная корпорация «Агентство по страхованию вкладов» (АСВ) в декабре 2013 года обратилась в Арбитражный суд Москвы с иском на 75 миллиардов рублей. Пугачев выступал одним из ответчиков по этому иску наряду с бывшими топ-менеджерами Межпромбанка.
Российский арбитраж в апреле 2015 года признал ответчиков виновными в совершении действий, приведших к банкротству банка, в частности в выдаче заведомо невозвратных кредитов и выводе активов.
В рамках разбирательства с Пугачевым АСВ обратилась также в Высокий суд Лондона. По обвинению в неисполнении распоряжений лондонского суда, Пугачев в феврале этого года был приговорен к двум годам заключения заочно. Он проигнорировал в общей сложности 12 распоряжений лондонского суда, скрыв наличие у него французского паспорта.
Несмотря на то, что Пугачеву было запрещено покидать Великобританию, он уехал и проживает, по данным на июнь 2016 года, во Франции.