Заявитель обжаловал в апелляционной инстанции решение арбитражного суда Томской области от 21 марта. Тогда суд по заявлению авиакомпании «ЮТэйр» признал «Томск Авиа» банкротом и открыл в отношении нее конкурсное производство. Исполнение обязанностей конкурсного управляющего должника было возложено на временного управляющего Андрея Красноженова.
Однако в мае арбитраж удовлетворил заявление Красноженова об освобождении его от должности. Новым конкурсным управляющим авиакомпании была утверждена Татьяна Джур из Межрегиональной саморегулируемой организации профессиональных арбитражных управляющих.
Красноженов в марте сообщил суду, что с января 2015 года в связи с отзывом лицензии должник прекратил свою деятельность. Текущая задолженность авиакомпании составляет 465,7 миллиона рублей, общий долг – 1,1 миллиарда. Кроме того, имеется значительная задолженность по заработной плате (около 32 миллионов рублей). По информации управляющего, у должника имеются в активах основные средства остаточной балансовой стоимостью 134,3 миллиона рублей, дебиторская задолженность на 61 миллион рублей. В настоящее время часть имущества должника реализована, остаются нереализованными 15 воздушных судов. Возможная цена реализации имущества должника, по прогнозам управляющего, составит 196,3 миллиона рублей.
Томский арбитраж 7 июля 2015 года ввел в «Томск Авиа» наблюдение. Вслед за этим Росавиация аннулировала свидетельство эксплуатанта перевозчика.
Авиакомпания «Томск Авиа» занималась пассажирскими и грузовыми перевозками на самолетах Ан-24, Ан-26, Cessna и вертолетах Ми-8. География регулярных полетов включала города Томск, Стрежевой, Нижневартовск, Сургут.