Арбитражный суд Москвы 4 июля 2014 года по заявлению ЦБ РФ принял решение о ликвидации Атлас Банка. В июле 2015 года суд отклонил заявление его учредителя — одноименного черногорского банка о пересмотре решения о ликвидации по новым обстоятельствам. Также тогда суд утвердил отчет ликвидатора и завершил процедуру ликвидации.
Не согласившись с определением, которое было принято в июле 2015 года, Атлас Банк в лице председателя правления Саши Елача, а также черногорский банк обратились с апелляционными жалобами на указанное определение. Однако суд прекратил производство по их жалобам, указав, что Атлас Банк прекратил свою деятельность в качестве юридического лица, о чем 16 июля 2015 года в ЕГРЮЛ внесена соответствующая запись. Согласно статье 150 Арбитражного процессуального кодекса РФ суд прекращает производство по жалобе, если установит, что организация, являющаяся стороной в деле, ликвидирована.
В суде первой инстанции представитель черногорского банка просил пересмотреть решение суда о ликвидации по новым обстоятельствам, мотивируя это тем, что оснований для принудительной ликвидации банка в настоящее время нет. Решение о ликвидации банка принималось в связи с отзывом ЦБ РФ у Атлас Банка лицензии, однако этот приказ суд признал незаконным.
Представители ЦБ возражали против удовлетворения заявления учредителя банка, заявив, что процедура ликвидации банка регулируется законом «О несостоятельности (банкротстве)». Согласно нормам этого закона отмена решения об отзыве лицензии не влияет на саму процедуру. Кроме того, учредитель не является участником процесса в данном деле о ликвидации.
Представитель же черногорского банка на это заявил, что в нормах, на которые ссылается ЦБ РФ, речь идет о конкурсном производстве, а в отношении банка такая процедура не открывалась, и он не признавался банкротом.
Девятый арбитражный апелляционный суд 16 февраля удовлетворил иск Атлас Банка и его черногорского учредителя и признал недействительным приказ об отзыве у российского банка лицензии на осуществление банковских операций. Кассационная инстанция в мае оставила в силе постановление апелляции.
Банк России с 5 мая 2014 года отозвал у Атлас Банка лицензию на осуществление банковских операций.