ООО «А» привлекло для выполнения подрядных работ (НИОКР) ООО «Т», которое в качестве субподрядчика привлекло ООО «Г».
По результатам камеральной проверки уточненной декларации по НДС, в которой ООО «А» заявило вычеты по операциям с ООО «Т», инспекция отказала в вычетах, решив что компанией не доказано выполнение спорных работ контрагентом.
Инспекция установила, что у подрядчика и субподрядчика отсутствуют необходимые трудовые, технические, производственные и иные возможности для выполнения спорных работ. Кроме того, субподрядчик отсутствует по юрадресу, его представители не являются для дачи пояснений об обстоятельствах выполнения спорных работ, а руководитель субподрядчика отрицает причастность к деятельности ООО «Г». Также установлено, что поступившие от подрядчика денежные средства за выполненные услуги субподрядчиком были переданы по договорам займа третьим лицам.
Суды трех инстанций (дело № А32-33902/2012) признали недействительным решение инспекции, установив, что спорные работы выполнены и вычеты по НДС заявлены в связи с реальными хозоперациями. При этом компанией проявлена должная степень осмотрительности в отношении ООО «Т» — установлено на основании данных ФНС, что контрагент не относится к категории «фирм-однодневок».
Суды учли, что подрядчик не только отразил в своем учете факт выполнения спорных работ, но и исчислил с них соответствующие налоги. Одним из видов деятельности ООО «Т» является разработка научно-технических и рационализаторских предложений и усовершенствований и их опытное производство, иные научно-исследовательские, опытно-конструкторские и изобретательские работы.
Суды отметили, что подрядчик в соответствии с договором вправе был привлечь субподрядчика. Довод инспекции о займах, выданных последним из полученных денежных средств, суды сочли несостоятельным, поскольку указанные действия не могли находиться в сфере контроля истца. Относительно отрицания руководителем ООО «Г» причастности к деятельности компании, суды также указали, что налогоплательщик не несет ответственность за действия всех организаций, участвующих в многостадийном процессе уплаты и перечисления налогов в бюджет.
В подтверждение факта выполнения спорных работ истец представил копии отчетов о научно-исследовательской работе, которые не были представлены в рамках камеральной проверки по причине коммерческой тайны. Довод инспекции о содержании в отчете неточностей отклонен судами (постановление кассации Ф08-988/2015 от 20.03.2015) , поскольку инспекция не доказала, как неточности повлияли на полноту отчетов. При этом эксперты, привлеченные в рамках судебного разбирательства, оценили отчеты как хорошо проработанные и обоснованные.